杭愛、孫思克身死，武昌巡撫王新命投降，至此湖廣重鎮武昌光復。
收到武昌光復的消息后，馬仲英即令巴思克將投降的湖廣巡撫王新民、四川布政使劉顯第，四川總兵余化龍等人押解九江行在，并詢問其為何抗拒天兵。
王新民吶吶不能言，劉顯第和余化龍卻只推脫川省兵權都在杭愛和孫思克二人手上，他們是想投而不得。
“孤早就說過，不開城，便屠城，爾等以為是虛妄之言嗎？姑念武昌綠營和武昌水營率先反正，盡可饒恕，其余犯官本人及其在武昌的家小盡誅之，至于四川兵，既然他們抗拒王師，那就全部坑殺，以儆效尤。”
馬仲英也不多言，當即傳諭巴思克，命其捕拿眾降將家小，送至九江行在明正典型，而四川降兵由于人數眾多，則就地處決。
聞言，一眾清軍降官都嚇得面如土色，四川布政使劉顯第更是一屁股癱倒在地，當場暈死過去，四川總兵余化龍卻是趴在地上連連磕頭，指天畫地地表示，王師抵達武昌城下時，他就曾進言，想開城投降，是董永藩、林毓秀和杭愛等人堅持據守，甚至還拔刀恐嚇，他受制于人，不得不從耳。
馬仲英奇道：“董永藩？奏報上說他是最先投降的嗎？怎地又是他堅持不投，張紹遷，你立即去武昌把人押過來，再查查他是不是董其昌的兒子。”
董其昌是偽清順治年間的桂林分守道，他雖然由明投清，但在清廷任職期間，曾多次暗中資助廣西的明軍殘部，后亦因為此事，被清廷申飭。
馬仲英也想不明白董其昌這個文官怎么會有一個武將兒子，而且官職比董其昌要高很多，這顯然不合情理，不過江南初定，他手上的事情千頭萬緒，一時也沒想透這個關竅，被余化龍這么一說，登時就醒悟過來。
“……殿下，他不是董其昌的兒子，他是董學禮的兒子，他堅持不投，就是因為他老爹曾率軍攻破夔東，怕天兵入城后，會追究他老爹的罪孽，董永藩對罪臣舉刀相向的時候，城頭上很多人都看到，殿下一查便知……！”
余化龍是真的恨，他沒想到信誓旦旦要替大清效忠的董永藩竟是第一個反水投明的，關鍵是你他娘的要投明，還不早點說，害老子們被明軍抓了俘虜。
你不仁，我不義，既然你不講信義，就別怪本將把你的丑事也抖露出來，看看大明容不容得下跟他們有血海深仇的董家人，還好意思說什么是董其昌的后人，你咋不說你家是延平鄭王妃董氏的族人，老子就是死，也要把你這個連爹都不敢認的小人拖下水。
“楚王殿下，楚王殿下，余將軍所言不差，這董永藩就是董學禮的后人，就是他和杭愛、孫思克勾結在一起，逼迫我等，您知道，城內都是四川兵，罪臣是想投降而不得，咱大明水師一至，我武昌綠營隨即反正，這就是明證，罪臣對大明可是一片忠心，一片忠心啊！”
余化龍的話，令王新命仿佛找到了救命稻草，趴在地上，扯著嗓子拼命地告饒，為了保住性命，巡撫大人當場就把董永藩那點破事給抖了出來。“既然有人作證，那就不要調查了，張紹遷你持孤手諭，直接至武昌拿人，斬首棄市，其家中老幼一并處決。”
楚軍體系內清廷降官并不在少數，但卻沒有像董學禮這樣的首惡巨魁，即便是董永藩被迫投降，馬仲英還是不打算放過他，只姑念其率先投降，未將其凌遲，只斬首了事。
“喏……！”
張紹遷轟然領命，轉頭踏步下了臺階，殺氣騰騰出了府門。
王新命和余化龍卻是眼巴巴地望著馬仲英，心中思量著有董永藩這個墊背的，眼前這個殺人不眨眼的大明楚王能寬恕他們，可馬仲英卻好像把他們遺忘了一樣，對他們哀求的神色熟視無睹。
郭泰捷建言道：“殿下，四川并有一萬余人，若全部斬殺，只怕有傷天和……于軍不利！”
馬仲英猶豫了一下，才對郭泰捷說道：“孤并非殺性過重，只是假他們的首級告戒北方的綠營，抗拒大明天兵的下場，既然郭先生替他們求情，孤便不全誅了他們，這樣吧，凡四川兵三丁抽一殺之，其余的押解至云南和江西開礦，至于王新命和余化龍二人，孤亦不知他們說的是真是假，但武昌負隅頑抗乃是不爭的事實，因二人有檢舉揭發的功勞，就不用重刑了，明日就在九江城外明正典刑！”
聞言，王新命和余化龍剛剛跪直的身體頓時又軟了下來，余化龍還好點，到底是武將，雖然癱坐在地上，不住地打顫，但也沒有過分失態，王新命卻是當場就嚇暈了過去，褲襠下黃白之物淌了一地，大小便失了禁。
處置完武昌清廷文武，馬仲英即把政務的重心放到了長江一線的防務上來。
經過再三考慮，馬仲英以湖廣剿虜總督巴思克和陳布隆以及長江水師旅副將陳一官領水陸大軍兩萬五千以及紅旗兵一萬，滿洲綠營兵五千鎮守武昌，并向襄陽、鄖陽一帶攻擊前進，先恢復鄂省。
江西剿虜總督李興、長江水師旅旅帥潘學忠領第一、第十一和十三旅、水師主力，和紅旗兵一萬以及滿洲綠旗兵五千，共計四萬五千水陸大軍移駐九江，主攻方向正是當面的明朝中都鳳陽
在此次戰役中頗有功勛的李漢明改任淮揚剿虜總督，領第九、第十、十二、十四旅、紅旗兵兩萬進駐安慶，馬仲英給他的軍令是相機攻取揚州、淮安、宿遷、徐州和泗陽等地，把楚軍的戰線推到淮河一線。
當然，因為連續的戰事疏忽的云貴兩省，馬仲英也沒忘記，他又令張朝陽為云貴剿虜總督，領新編的五個旅，搶占云貴二省，四川綠營退到武昌，明眼人都能看出王輔臣已經控制全川了，川蜀自清軍入關后，屢次大戰，民生比廣西和湖廣還要凋敝，平涼軍沒有足夠的糧食補充，肯定不會安心窩在貧瘠的川陜，馬仲英也是未雨綢繆。
說曹操，曹操就到，也就楚軍處置清廷官員和四川綠營時，一艘平底沙船順江經江陵方向，抵達了武昌城，來人正是前往平涼勾搭王輔臣的陳德，他還帶來了王輔臣的使者騰天綬。
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